V Charite dbáme aj o duchovný rozvoj zamestnancov a klientov zariadení. O duchovnú formáciu sa stará duchovný správca GKCH. Od roku 1999 až do decembra 2014 túto funkciu zastával otec Jozef Voskár. Január 2015 priniesol zmenu a duchovným správcom sa stal otec Vasil Kormaník. Súčasným duchovným správcom GKCH je od augusta 2020 otec Jozef Gača.
Duchovná formácia zahŕňa rôzne duchovné aktivity, modlitby, ale i schválený duchovný program charity aktualizovaný každý kalendárny rok.
15:00 – Korunka Božieho milosrdenstva, príležitosť na zmierenie a duchovný rozhovor,
15:30 – svätá liturgia
12:00 – Modlitba Anjel Pána, príležitosť na zmierenie a duchovný rozhovor,
08:00 – svätá liturgia,
každý 3. štvrtok v mesiaci – Adorácia s duchovným napojením zariadení GKCH.
Činnosť duchovného správcu GKCH je najviac zameraná na zariadenia v meste Prešov. Je výhodou, že mimo prešovské zariadenia sú v duchovnej správe miestnych kňazov, čím je postarané o ich duchovnú formáciu. Kňazi farností prichádzajú do zariadení na osobné stretnutia, katechézy a rozhovory. Klienti sa zúčastňujú svätých liturgií v miestnych chrámoch.
„Chudobní sú tí, ktorým chýbajú materiálne a duchovné hodnoty. Chudobní sú hladní a smädní. Chudobní sú bezdomovci, vykorenení, postihnutí, chorí. Chudobní sú osamelí. Chudobní sú nevedomí a zúfajúci. Chudobní sú bez potechy. Chudobní sú surovci. Chudobní sú znechutení, hriešnici, posmeškári. Chudobní sú nežiadúci, tí, čo stoja na okraji spoločnosti. Chudobní sme určitým spôsobom aj my samy.“ sv. Matka Tereza z Kalkaty
